由国家民族事务委员会、卫生部和内蒙古自治区确定的全国及自治区民族医药重点建设机构——通辽市蒙医研究所，原名哲里木盟蒙医研究所，设有蒙医药文献资料研究室、蒙医临床研究室、蒙药研究室，还有蒙药制剂室和内、外、妇、儿等临床科室。
蒙医学理论自元代开始萌芽，尤其对解剖学、骨伤外科、饮食疗法、灸疗和皮疗有独到的研究论述。自明代开始，随着在科尔沁游牧的蒙古族与外界交往范围日益扩大，蒙医吸收了汉、回、藏、印度、阿拉伯等民族医学的部分理论与疗法，特别是由于印度医学的“四大元素学说”哲学思想和藏医学的“赫易”、“协日”、“巴达干”等理论的充实，使蒙医学理论发展、形成了具有鲜明特点的独立理论体系。20多年来，为了抢救、搜集、整理和挖掘传统蒙医药学，研究所收集到蒙、藏、汉、维、满5种文字的医学古籍12类、388部、538册以及《哲盟医史》、《科尔沁传统正骨史》和100多幅图片等珍贵历史文物，翻译出版了48万字的藏文医学典籍。近年来，研究所完成了《蒙药有效成分的合量分析》、《蒙医药治疗妇科抽搐病》等6项科研课题；整理出《针灸与放血疗法》等三部名老蒙医临床经验集；编写了《蒙医治疗肝病》、《蒙医临床问答》等四部实用医书。研究所在先后承担、完成的14项国家中医药管理局、内蒙古自治区、盟市的科研项目中，有112项科研成果分别获科学技术进步一、二、三等奖。整理、研究这些蒙医药古籍文献，对继承蒙医药遗产、振兴蒙医药学，有着重要的意义；为蒙医药科研、教学、医疗提供了具有科学指导价值的历史资料。
近年来，在医疗体制改革大背景下，为了继承、发扬、振兴蒙医药学，研究所加大了“办好专科、开发蒙药”的力度。研究所依托蒙医药传统理论优势，并吸取现代医疗技术成果，努力建设“品牌”蒙医特色专科专病。例如，针对当地腰椎间盘突出症易发、多发的实际情况，研究所成立了腰椎间盘突出专科，投入了近100万元资金购置医疗设备，在原有蒙医治疗技术的基础上，将传统蒙医疗法和现代医学疗法相结合诊治腰椎间盘突出，取得了明显疗效。又如，在专病治疗方面，研究所的蒙医肾病专家以蒙、中、西医药结合治疗肾病，由于疗效确切，吉林、辽宁、黑龙江、山西、福建等地前去诊治的肾病患者每年都达3000多人次。在此基础上，研究所的蒙药研究工作也得到了加强，如《蒙药阿那日-14治疗萎缩性胃炎的研究》已初见成果；与药厂共同研究开发的国家三类新药保利尔已经上市。同时，研究所还完成了自治区的《全区蒙医药现状及发展前景的调查研究》、《蒙医药文献资料搜集整理》两项科研课题；写出了具有重要参考价值的《调研报告》，为党政部门决策，提供了科学依据。该研究所现已实现了“医研相兼，共同发展”的目标。
